那么，被认定为违章建筑的房屋，就一定真的是违章建筑吗?其实未必。通过实际案例你就会发现，违章建筑的界定与处理在法律上有明确的规定。
确认违章建筑的审查程序
第一步，立案
立案是执法部门对于发现或接到投诉、举报等事实或者材料后，认为有违法事实发生或存在并需要追究法律责任时，决定将其作为行政案件进行查处的行为活动。京平律师提醒注意，在该程序中，只有如下行政机关尤权对违章建筑进行立案查处：
1.规划局或者规划委员会。这是法定部门，城市里的违章建筑由它来管。
2.城市管理综合行政执法局。就是我们所熟知城管，城管有没有权利来管违章建筑，主要看它是否得到省级政府的授权，
3.乡、镇人民政府。其执法范围是乡、村庄规划区范围内，简单理解就是农村的违章建筑均有其处理。
除了上述部门，其他任何部门均无权查处违章建筑。实践中有国土局或者国土所、住房和城乡局、房管局等来查处违章建筑的，这是错误的。
第二步，调查程序
在调查中，应当注意以下几点：
第一、调查人员不得少于2个人。
第二、调查人员要主动出示执法证件。一方面是为了证明调查人员的执法资格;二是防止没有执法资格的人冒充执法人员进行执法活动。实践中，一些地方执法人员在调查时不出示执法证件。面对这种情形，被处罚的人可以主动要求他们出示证件，并记录下他们证件上的相关信息(比较重要的信息有姓名、编号等)，这样方便日后维权。
第三，在被询问以及在签署笔录时要谨慎。行政执法常见的笔录有《现场检查笔录》、《现场勘验笔录》、《调查笔录》。执法人员要求签字时，一定要仔细检查笔录内容，如发现内容与被处罚人陈述或与事实不符时，需要求执法人员修改。执法人员不愿修改，则不要签字。
确认笔录无异议要签字时，同时需要注意：笔录的每一页都需要签字，签字时要紧贴笔录内容，不要与内容距离太远。 这可有效防止被处罚人签字后，执法人员追加笔录内容。签字后要写上签字日期。
第三步，决定程序
第一、告知，听取陈述、申辩
这是为了保证被处罚人的知情权、陈述权、申辩权。执法人员在作出处罚决定前，一般会书面告知被处罚人行政处罚的事实、理由和依据。被处罚人有权陈述、申辩，如果执法人员拒绝听取当事人的陈述、申辩，行政处罚决定不能成立。
第二，听证
听证是指行政机关实施行政处罚过程中，在作出决定前，由非本案调查人员主持，听取调查人员提出当事人违法的事实、证据和行政处罚建议与法律依据，并听取当事人的陈述、举证、质证和申辩及意见的程序活动。《行政处罚法》规定，行政机关作出责令停产停业、吊销许可证或者执照、较大数额罚款等行政处罚决定之前，应当告知当事人有要求举行听证的权利;当事人要求听证的，行政机关应当组织听证。当事人不承担行政机关组织听证的费用。
第三步，处罚决定书的送达和执行
执法机关如果决定要进行处罚，会作出并向被处罚人送达《行政处罚决定书》。
违章建筑的认定和处理原则
1、尊重历史、实事求是。
由于我国现代城乡规划管理和不动产登记制度建立时间不长，许多城市房屋的登记手续不一定健全。为此，在对征收范围内的房屋进行认定时，一定要秉持尊重历史、实事求是的原则。对拆迁范围内由于历史原因造成的手续不全房屋，应依规现行有关法律法规补办手续。对政策不明确但确属合理要求的，要抓紧制定相应的政策，尽量早日解决;不能及时解决的，也应和被征收人详细说明，争取理解。
2、区别对待。
对于违章建筑的处理不能一概而论，应当根据违章建筑的成因不同、违法性质和成都不同采取不同的处理措施。对于因政府各部门原因而导致手续不全的，应督促相关部门今早为被征收人补全手续;对于被征收房屋违法情节轻微、可以采取改正措施的，或虽无法改正，但对城乡规划和城乡面貌影响不大的，可采取责令 改正、罚款等措施先行处理;对于严重影响城乡规划，情节严重的，可责令有关部门依照法定程序予以拆除。
3、公开、公平、公正。
由于违章建筑涉及面广、政策性强，处理违章建筑时，程序要公开，标准要统一。应当遵循公开、公平、公正 的原则贯穿处理违章建筑问题的始终，平等对待被征收人，不偏私、不歧视。
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